Egyetemi város, legnagyobb múltra a Humboldt Egyetem tekint vissza, a kettéosztottság nyomán a nyugati városrészben alakult meg a Freie Universität (Szabad Egyetem), majd a külön műszaki egyetem (Technische Universität Berlin). A Humboldt Egyetemen közel 38 000 diák tanul, míg a Freie Universitäten ennél 3000-rel kevesebben. A Freie Universität 2007. október 19-én elnyerte az elitegyetem státuszt és így a kutatás támogatásáért többletfinanszírozást kap az államtól. A Humboldt Egyetem és a Freie Universität közös orvosi kara a Charité, mely egyben Európa legnagyobb egyetemi klinikája is. Az egyetemek mellett 70 kutatóintézet található a városban, melyekben összesen 50 000 kutató dolgozik.