Az újraegyesítés óta Berlin ismét Németország fővárosa. 1991. június 20-án döntött a Bundestag arról, hogy Berlin lesz a kormány- és a parlament székhelye. Az átköltözés nem zajlott le zökkenőmentesen, az új Reichstagban az első ülésnap 1999-ben volt, fokozatosan települtek át Bonnból a kormányzati szervek és hivatalok.

Ma a szövetségi kormány, a Bundestag és a Bundesrat is itt székel. Néhány minisztérium azonban továbbra is Bonnban maradt. Minden minisztériumnak van Berlinben és Bonnban is kirendeltsége, attól függően, hogy hol van a székhelye.

Berlin tartományt és várost a Berlini Szenátus irányítja. A szenátust a polgármester és 8 szenátor alkotja. A városháza az egyesítés óta az egykori keleti városrészben álló impozáns Rotes Rathausban, magyarul a Vörös Városházán zajlik. A kettéosztás idején a nyugati városvezetés a schönbergi városházán székelt. Jelenleg Klaus Wowereit szociáldemokrata polgármester irányítja a várost, a kormányzó erők az SPD és a Die Linke, a baloldaliak. A közgyűlésen a következőképp alakulnak az erőviszonyok:

• SPD 53 hely
• CDU 37 hely
• Die Linke 23 hely
• Szövetség '90/Zöldek 23 hely
• FDP 23 hely

Összesen 149 hely. A következő választás 2011-ben esedékes.